Команда Chkdsk или специализированные программы, но если не представляете что делаете, лучше ничего не трогайте.
Это каждый определяет сам, оптимальный вариант понимать: какие права нужны и кому. Помните, чем больше прав добавляете, тем больше уязвимостей на системе.